要真正瞭解《九品芝麻官》暗線的故事，我們必須先理清幾個關鍵點
一、常坤為什麼不殺了包龍星而是讓他去要飯呢
二、常坤跟戚家的關係
三、戚家十三口之死，是常威臨時起意？還是常家蓄謀為之？
四、豹子頭雷豹去廣東追逐四十大盜的真正目的
五、皇帝為什麼要幫助包龍星
六、包龍星的十二個哥哥是怎麼死的
七、包龍星的父親包不同官場經歷
理清這些關鍵點之前，我們先來明確一下，電影的故事背景，電影中的皇帝是清朝同治皇帝，同治皇帝1856年生人，1861年即位，1873年親政，1875年駕崩，終年19歲。電影中故事發生的時間就是1874年至1875年。
廣東水師提督，是清朝三大提督之一，握有實權，但是1870年-1885年，廣東水師提督是張曜，並沒有像電影中常坤在1874年-1875年期間被幹掉。所以，我們只能借助大概的歷史背景去探討電影中清朝官場的鬥爭，沒有必要上綱上線。
下面我們來解決幾個關鍵點
一、常坤為什麼不殺包龍星
電影中，包龍星被方唐鏡顛倒黑白陷害，關了起來，包家派如花去救包龍星，然後包不同讓包龍星進京去告禦狀，讓他找自己的至交刑部尚書，包龍星找到刑部尚書，發現他與常坤有勾結，被強賽了幾十個埋頭趕了出來。刑部尚書還詢問常坤，是不是要殺了包龍星，常坤說：「我要讓他們在京城在乞丐，丟一丟他爹包不同的臉」
俗話說，士可殺不可辱，不殺反而讓他去當乞丐，大部分原因是因為要丟包不同的臉，可以執導，常坤對包不同是有很大的恨的。電影中看似完全充當笑點的包不同跟常坤由什麼交集，做了什麼事讓常坤對他恨之入骨呢？這個我們下面會講到
二、常坤跟戚家的關係
常坤是官，廣東水師提督，也是封疆大吏，有用實權；
戚家是商人，富甲一方；
常威的表妹嫁到了戚家，當了戚秦氏的小媽；
戚秦氏大婚，常威也去赴宴
說明常家和戚家是比較熟的，甚至有官商通婚一說
難道僅僅就是相識嘛？不是的，是有巨大的利益在裡邊的，這裡就要說到一個關鍵的東西：
戚家的秘方
戚家公子，是個肺癆鬼，身子很弱，別人甚至都不認為他能生孩子，但是戚秦氏說他們有一個
秘方，能讓男人重振雄風，最後秘方給到了包龍星，包龍星拿來開了藥方，那這個藥是什麼呢？
「印度神丹」
明明是戚家的秘方，為什麼叫印度神丹呢？
19世紀，印度是英國的殖民地，通過印度進口到清朝是有可能的，但是如果戚家從印度進口這個神丹，為什麼不拿來售賣獲取利益，反而私藏起來，當作秘方？可見，戚家從印度弄到的東西，不止神丹，還有什麼呢？聯繫19世紀的歷史，唯有鴉片在那個時期，走私的比較嚴重，如果是戚家通過走私鴉片順帶的獲得「印度神丹」是有可能也說的過去的
19世紀清朝的對外貿易，基本上全部都是通過海運來實現的，戚家做走私的生意，少不了海軍方面的幫忙，恰巧常坤是水師提督，這是不是巧合呢？應該不是。而且有很大可能，是常家和戚家勾結，一起做走私生意，謀取暴利，中飽私囊。有人認為這樣聯想比較牽強，不急，稍後的內容會完善我的猜測。
三、戚家十三口之死，是常威臨時起意？還是常家蓄謀為之？
常威為什麼要殺死戚家十三口，如果是因為自己玷污戚秦氏被發現，最多也是把發現的老爺和表妹殺掉，為什麼要把所有人都殺光，甚至連打更的來福都不放過。
而且表妹是第一個發現的人， 為什麼不是好言相勸，甚至不理睬，直接走人，自己的爹是水師提督，完全可以給他擺平。但是他卻要滅戚家的門呢？
我認為是常家蓄謀為之，那為什麼常家和戚家本來就是相互勾結，本應相互幫襯，為什麼常家要殺掉戚家呢？其實這完全是因為一個人的到來，這個人就是豹子頭雷豹
四、豹子頭雷豹去廣東追逐四十大盜的真正目的
天下第一神捕，六扇門第一高手，去追號稱四十大盜的盜賊，追到最後只剩了三四個人，恰巧撞見了戚秦氏大婚，趕到了戚家。
從電影中我們可以看出來，四十大盜在雷豹面前根本不值一提，連還手的能力都沒有，為什麼雷豹還從北京追到了廣東才抓到呢？
有沒有可能雷豹追四十大盜另有目的呢？完全有這個可能。其實他的目的就是要調查戚家和常家的走私一案，是奉了皇上的指令去的。有幾點可以看出端倪
1、雷豹趕到戚家，就把戚家和盜賊混為一談，說戚家把盜賊窩藏起來，要統一問罪，這明顯是陷害。
2、雷豹被包龍星關押起來之後，看到方唐鏡和常坤去監獄看常威，此時他的表情很耐人尋味，而且此時他也知道，常威就是兇手！
3、雷豹去鳳來樓找如煙，剛進去，皇帝就進來了，有可能雷豹幫皇上來打前陣，他是皇上的人
4、皇上被包龍星抓到把柄之後，絲毫不懷疑的就任命他為八府巡按重審戚家慘案，如果沒有告訴他常威真的是兇手，他會這麼堅決的新人包龍星？難道就因為包龍星撿到了他的龍內褲？肯定有人已經將事情告訴了他，這個是能接觸到皇上並告訴他事情的就只有雷豹了
那我們把上面的聯繫起來看一下，雷豹奉了皇上的指令去追查戚家和常家的走私一事，雷豹表面追四十大盜，其實是以此跟戚家扯上關係，從而能查他們。但是這件事被常坤知道，怕戚家被查之後，把自己供出來，於是命令常威暗地裡解決掉戚家人。但是常威是個二愣子，貪慕戚秦氏的美色，得手之後被發現，於是索性直接解決，於是戚家被滅門。
五、皇上為什麼要幫助包龍星
皇上説明包龍星其實有2個目的
1、常家的做法確實傷天害理，不懲治不足以平民憤
2、常家實力太大，牟利太多，要果斷懲治，其實不光是這個皇帝，上一任皇帝在位時也想要動常坤，但是最後隨著皇帝的駕崩而結束，其中包龍星的父親，包不同就是之前倒常的主力。而這一次包龍星則成為了皇帝倒常的主力
